黄芩
经方用黄芩见于29余方证，可知药用之广，为经方常用药之一。对黄芩的应用，《本经疏证》曾做概括论述：“仲景用黄芩有三耦焉，气分热结者，与柴胡为耦；血分热结者，与芍药为耦；湿热阻中者，与黄连为耦……故黄芩协柴胡，能清气分之热，协芍药，能泄迫血之热，协黄连，能解热生之湿也。”经方用黄芩以苦清热为主：
（1）解热除烦：烦因热起，但见于六经证不同，治亦不同，多须配伍相应药物以对六经而解热，如阳明里热的泻心汤方证，配黄连、大黄泻火清阳明里热以治“心气不足”；阳明病的黄连阿胶汤方证，伍黄连、芍药、阿胶、鸡子黄清阳明里热而治“心中烦、不得卧”；阳明里热的《千金》三物黄芩汤方证，配伍苦参、生地清阳明里热，养血清热而除四肢烦热；厥阴病的干姜黄芩黄连人参汤方证、半夏泻心汤方证、甘草泻心汤方证、生姜泻心汤方证、柴胡桂枝干姜汤方证等，配黄连解上亢之烦热，配干姜、人参治下寒下利而心下痞硬。
（2）和解清热：黄芩所在方证，有里证和表证(表里合病)、和半表半里证。里热，但用苦寒黄芩、黄连等即治，但邪热在半表半里时，只用苦寒治之无效必用和法。胡希恕先生指出：表证可汗、里证可吐、可清、可下而解，“半表半里邪无出路，只能借道而祛邪外出”，这即对和法的精辟注释，其代表方证即小柴胡汤方证及其加减方证。
（3）止肠澼下利：黄芩味苦清热，长于止利。如是太阳阳明合病下利，常配伍葛根，如葛根黄芩黄连汤；少阳阳明合病则配伍芍药、大枣、甘草等缓急迫之品，如黄芩汤。
（4）止血：黄芩治因热出血者，而多见于阳明病，如泻心汤中黄芩配伍大黄，黄连，治“吐血、衄血”。
（5）退黄：阳黄证热在里或半表半里者，可适当用黄芩，如《金匮要略·黄疸病》第21条言:“诸黄，腹痛而呕者，宜柴胡汤。”或适当伍以茵陈五苓散等。
（6）清血热以敛金疮疽蚀：疮疡热证，皆可适当用黄芩，值得注意的是，经方用其治疮疡多属上热下寒的厥阴病，如甘草泻心汤方证、王不留行散方证等。
黄芩，味苦，性平。清热除烦，主要清上焦诸热、治半表半里之热。
黄连
经方用黄连有14方证，黄连与黄芩性味相近，主为清热除烦、治吐下，但黄连寒性明显，故更突出清里热，且厚肠胃而止下利。黄连的应用特点是:
（1）清热除烦：黄连与黄芩常同用主治烦热；多为阳明里热，如用于泻心汤方证、黄连阿胶汤方证；当寒热错杂时，主清上热。如黄连汤方证、半夏泻心汤方证、甘草泻心汤方证、生姜泻心汤方证、干姜黄芩黄连人参汤方证、乌梅丸方证等。
（2）止肠澼、腹痛下利：黄连以苦寒厚肠胃、止下利最为突出。临床应用，因六经证的不同，而所配伍药而不同，如太阳阳明合病的下利，配伍黄芩、葛根，如葛根黄芩黄连汤；如为阳明里实热者，则配伍白头翁、黄柏、秦皮，如白头翁汤。
(3)治吐衄血：血因热出者，可配用黄连，如阳明里热下利出血，用白头翁汤、白头翁加甘草阿胶汤等。如里热致衄者，用泻心汤。
(4)治疮疡：经方用黄连治疮疡，仅见于甘草泻心汤治口咽、下阴疮疡，证属上热下寒的半表半里阴证，故伍以干姜、人参、甘草等治之。
黄连，味苦，性寒。功用为清热、燥湿、止痢。证见胸中有热，心烦，心中悸，欲呕，止腹痛治下利。黄连明显比黄芩苦寒。
黄柏
经方应用黄柏可见于5个方证，黄柏味苦，其气寒，与黄连最相近，主治在阳明，故可清热而除烦、止利。但黄柏有退黄疸的作用。
（1）除热烦:因黄柏苦寒，故以清里热而除烦，多是清阳明里热，如大黄硝石汤、栀子柏皮汤、白头翁汤、白头翁加甘草阿胶汤。
（2）止下利：以黄柏清里热而止利，常配伍黄连、白头翁、秦皮治阳明里热下利，如白头翁汤。若配伍干姜、附子等，则治厥阴病上热下寒如乌梅丸、半夏泻心汤、甘草泻心汤等。
（3）祛黄：黄疸属于实热者，用黄柏清热祛黄，如大黄硝石汤、栀子柏皮汤等。
黄柏，味苦，性寒。清热除烦，祛湿热止利，有效成分近似黄连，清湿热治消渴。黄连、黄芩、黄柏三味同用于适方中，主治阳明湿热壅滞不解之赤白痢疾，或湿疹痒甚，效果很好。本药用量不能过大，否则伤胃。
栀子
经方用栀子见于10余方证，主用于阳明里热证，如配黄柏清热利湿；配茵陈蒿、大黄利湿退黄、除烦，治湿热黄疸；配豆豉清心除烦。相关栀子各方证无不彰显栀子清心除烦之功及利湿退黄之力，阳明里有郁热见心中懊侬、虚烦不得眠、身黄发热、小便不利者均可配伍使用。
胡希恕先生认为：“栀子苦寒，消炎药，消炎解热，通利二便。主充血或炎症而见剧性心烦、发黄、懊恼不得眠者，亦主吐、衄、下血、胃肠热证。栀子解热，类芩、连、柏，但与三者有别。三黄均有收敛作用，而栀子不敛且利二便，治烦相当有力，消炎作用也突出。”
栀子，味苦，寒。降泄，善清三焦之火，尤善清心，为治热病烦闷之要药。其性清利导湿热之邪从小便而出，又为湿热黄疸所常用。既入气分而泻火解毒，又入血分能凉血止血，以治热毒疮疡、血热出血。此外，外用消肿止痛，可治跌打损伤之肿痛。